Neries regioninis parkas geomorfologiniu požiūriu apima sudėtingą ir įdomią Neries slėnio atkarpą. Neris - unikali upė, kadangi Lietuvos teritorijoje praktiškai visa vaga natūrali, išskyrus kelių kilometrų ilgio atkarpą Vilniaus centre, kur upės krantai yra sutvirtinti. 1940 m. Nerį buvo bandyta tvenkti 2 kartus, bet laimei, šios užtvankos taip ir nebuvo pastatytos. Neries slėnis gilus, 40 – 50 metrų gylio, su ryškiomis terasomis. Upė parko teritorijoje daro kelias nevienodo dydžio kilpas. Tarp Saidžių ir Papiškių yra Sviliškių kilpa (3 km. ilgio, sąsmaukoje 1,3 km.), Balčiūnų (atitinkamai – 3 km ir 1 km) ir Sidaronių (5 ir 1,3 km.) kilpos, o tarp Šiurmonių ir Grabijolų susimetusios Velniakampio (11 ir 2 km), Bagotėlių (10,5 ir 2,3 km) ir Kulio (3,5 ir 1,5 km) kilpos. Slėnio plotis įvairiose vietose nevienodas. Plačiausias jis ties Paaliose – apie 4 km pločio. Parko teritorijoje Neries slėnis turi penkias šiek tiek ryškias terasas. Terasų paviršiai daugelyje vietų perpustyti vėjo – rumbėti, banguoti, kauburiuoti. Ryškiausia žemyninių kopų grandinė supustyta Sidaronių kilpoje, mažiau taisyklingos (išilginio pylimo) grandinės yra ties Bielazariškėmis, Grabijolais.
      Neries regioninis parkas apima 40 km. Neries vidurupio atkarpą 137 – 97 km atstumu nuo žiočių. Upės kritimo aukštis šioje atkarpoje – 17 m., vidutinis nuolydis – 0,42 m/km., debitas – 119 – 122 m3/s. Absoliuti dauguma Neries regioninio parko upelių tebėra natūralūs. Parko teritorijoje į Nerį įteka Čekonė, Saidė, Vilbė, Bražuolė, Elna, Dūkšta, Aliosė, Rūgtupis, Airupė ir dar keliolika bevardžių intakų. Dauguma jų trumpi, 1 – 3 km ilgio, turintys didelį - iki 30 – 40 m/km nuolydį, menkai vandeningi, todėl epizodiškai išdžiūstantys.
    Parko teritorijos atkarpoje yra apie 20 sėklių ir rėvų. Saidės rėva – bene didžiausia Neries rėva, esanti tarp Volų ir Saidžių kaimų, susideda iš kelių slenksčių, nuolydis – 1 m/ km. Neris šioje atkarpoje kerta pagrindinius Baltiškojo kalvyno kalvagūbrius. Upės gylis šioje vietoje yra apie 1 m., srovės greitis – 1,5-1,9 m/s. Čia upė neužšąla net per didžiausius šalčius. Taip pat nemažos yra Naujoji rėva (ties Popais (Balčiūnais)) ir Salinės rėva (žemiau Grabijolų). 
      Neries regioninio parko teritorijoje yra keletas ežerų, iš jų didžiausias – 8 ha ploto Velniakampis. Tolėliau į pietus, ties Legotiškėmis, telkšo 5 nenuotakūs ežerėliai: Dumbliukas, Ilgelis ir dar trys bevardžiai. Visi jie telkšo termokarstinėse daubose. Šie ežerėliai užaugantys, juos supa nedidelės pelkutės, todėl išsimaudyti čia neįmanoma. Kairiajame Neries krante, Paaliosės miške, yra 2 Veprių ežerėliai. Tai nenuotakūs ežerai, telkšantys užpelkėjusiame trečios terasos lobe. Vienas jų išsiskiria žalia vandens spalva, rodančia jo dugne susikaupusias karbonatingas dugno nuosėdas.
      Giliai įsirėžusiame Neries slėnyje yra kelios dešimtys šaltinių. Vieni išteka koncentruota srove, kiti – ištisiniu šaltiniuojančiu plotu. Daugiausia šaltinių trykšta ten, kur upės vaga priartėja prie pagrindinio šlaito. Ypatingai šaltiniuoti Bražuolės bei Aliosės upių šlaitai bei slėniai. 

          Trumpa Neries geografinė-hidrologinė charakteristika